In tegenstelling tot veel naburige plaatsen is Assen niet in de vroege middeleeuwen ontstaan, maar pas in de dertiende eeuw.
De nederzetting werd gevormd rondom het cisterciënzer klooster Maria in Campis of Mariënkamp. Omstreeks 1260 werd dit vrouwenklooster gebouwd op een zandrug in de marke van Witten, een gebied dat onderdeel was van het rechtsdistrict Rolde. Oorspronkelijk was klooster Mariënkamp in 1227 nabij Coevorden gesticht als een zoenoffer van de Drenten aan de bisschop van Utrecht. Niet lang daarna vroegen de kloosterlingen al om een verhuizing naar Assen, of Hassen zoals de naam destijds luidde, vanwege de vele wateroverlast in het veengebied van Coevorden.
Vanwege de reformatie werd het Asser klooster omstreeks 1598 opgeheven en vervielen de gebouwen aan de Landsdag, het hoogste bestuursorgaan van Drenthe. Het College van Drost en Gedeputeerden nam rond 1600 haar intrek in een deel van het voormalige kloostercomplex. In 1603 kon Assen daardoor aangewezen worden als het nieuwe bestuurscentrum van Drenthe. Het hoogste rechtscollege van Drenthe, de Etstoel, werd later, rond 1688, van Rolde naar Assen verplaatst. Daardoor werd Assen ineens de belangrijkste plaats van de provincie. De vaak rijke bestuurders van de provincie werden verplicht om in Assen te wonen. De stad werd daardoor een bestuurscentrum met veel aanzien. In 1615 kreeg Assen zijn eigen predikant, die zijn hervormde gebedsdiensten in een vergaderzaal van het klooster hield. In 1661 werd de deels ingestorte abdijkerk herbouwd. Tot 1850 deed die kerk dienst als gebedsruimte van de hervormde gemeenschap, daarna zetelde de gemeenteraad van Assen in dit gebouw. De voormalige kloosterkerk werd toen fink verbouwd en kreeg het onder meer de huidige dakruiter.
Rondom de kloostergebouwen werden singels gegraven, waaraan straatnamen als de Zuidersingel en de Gedempte Singel nog herinneren. Het voorhof van het klooster groeide uit tot de huidige Brink. De eerste huizen in Assen werden binnen de singels op het voormalige kloosterterrein gebouwd, met name rondom de Brink, Marktstraat en Kruisstraat. Pas in 1777 kwam het eerste huis aan de overkant van de Oostersingel. Het statige Huize Overcingel werd gebouwd in opdracht van ontvanger-generaal Van Lier, de belangrijkste belastingambtenaar. Het bijbehorende landgoed werd in een Engelse landschapsstijl aangelegd door de Drentse tuinarchitect Lucas Roodbaard. In de tweede helft van de achttiende eeuw was het aantal inwoners van Assen al gegroeid tot ruim 600. Aan de Brink en de Kloosterstraat verrezen grote statige panden. Het huidige Ontvangershuis is gebouwd in 1698 en deed dienst als ambtswoning voor de ontvanger-generaal. In het pand zijn nog enkele authentieke interieurelementen uit de achttiende eeuw te bewonderen. Het Drostenhuis kwam gereed in 1778 en was de ambtswoning van de drost. Dit herenhuis is ontworpen door Abraham Sorg, die bij de bouw gebruikmaakte van muurresten van het voormalige klooster. De Gouverneurstuin is het kleine park met de vijver nabij het Drostenhuis. Tussen het Drostenhuis en de Abdijkerk kwam rond 1900 het pand van het Rijksarchief gereed, waarvan de trapgevels en het ronde torentje opvallend zijn. Aan de Brink kwam in 1954 het stenen beeld Bartje te staan, gemaakt door Suze Berkhout. Dit beeld is later vervangen door een bronzen exemplaar en verplaatst naar de Oostersingel. Het origineel kreeg een plekje in het stadhuis.
Om de ontginningen van landerijen rondom Assen te bevorderen, werd tussen 1769 en 1780 de Drentsche Hoofdvaart gegraven. Nadat de Hoofdvaart gereed was, breidde Assen uit langs de Markt en de zuidzijde van de Vaart.
Om Assen meer allure te geven werd in 1765 het loofbos ten zuiden van het voormalige klooster opnieuw ingericht. Vlakbij de bosvijver is in 1939 een bronzen reliëf geplaatst ter ere van Wolter Hofstede.
Tijdens het bestuur van Hofstedes zoon, gouverneur Petrus Hofstede, werd Assen in 1807 een zelfstandige gemeente. Twee jaar later kreeg Assen stadsrechten, ook al had het toen nog geen 800 inwoners. Als cadeau schonk koning Lodewijk Napoleon geld waarmee zestien woningen gerealiseerd konden worden aan de Nieuwehuizen. Ook liet hij een ambitieus stedenbouwkundig plan opstellen voor een groter Assen, maar daarvan is alleen de aanleg van de Torenlaan tussen de Brink en het Asserbos gerealiseerd. In 1814 werd Assen offcieel hoofdplaats van de provincie. De nieuwe allure van de stad vertaalde zich in de oprichting van een Latijnse school, een Franse school, een oudheidkundig genootschap en een drukkerij.
De stad kreeg na 1825 een finke economische impuls door de verharding van de wegen. In 1830 kreeg de stad zelfs een schouwburg op de hoek van de Vaart en de Witterstraat. Deze sloot in 1851 en werd vervangen door een nieuw koffe- en concerthuis op de plaats van de latere theater- en bioscoopzaal De Kolk. In het jaar 2011 moet tussen de Vaart Noordzijde, de Alteveerstraat en de Weiersstraat een groot Cultureel Kwartier gerealiseerd zijn, met daaronder een grote parkeergarage.
Rond 1857 werd een begin gemaakt met de aanleg van het Noord-Willemskanaal, dat later een verbinding kreeg met de Drentsche Hoofdvaart. Meerdere grote fabrieken vestigden zich in en rond Assen, zoals een sigarenfabriek, de Asser IJzergieterij en exportslachterij Thompson. Ook nam het aantal winkels toe en kwamen er kleine bedrijfjes als een leerlooierij, een kalkbranderij en meerdere olie- en korenmolens. In 1870 werd bovendien de spoorlijn tussen Meppel, Assen en Groningen geopend.
Het aantal inwoners van Assen groeide in deze periode van ongeveer 4300 naar ruim elfduizend personen. In 1905 kreeg de stad nog een spoorverbinding met Gasselternijveen en in 1918 een tramverbinding met Coevorden, aangelegd door de Eerste Drentsche Stoomtramweg-Maatschappij. Een paar jaar na de Tweede Wereldoorlog werd het tramvervoer in Drenthe volledig vervangen door busvervoer.
De Drentse rechtspraak werd vanaf 1840 ondergebracht in het Paleis van Justitie aan de Brinkstraat. Rechts achter het pand aan de Brink werd een paar jaar later het Huis van Bewaring gebouwd. Het provinciaal bestuur zetelde vanaf 1886 in het provinciehuis aan de Brink. Het forse neogotische pand is gebouwd op de resten van de westelijke vleugel van het klooster. Na 1973 trokken de provincieambtenaren in het huidige pand aan de Westerbrink.
Tegenwoordig maken het voormalige provinciehuis, de Abdijkerk, het Drostenhuis en het Ontvangershuis deel uit van het Drents Museum. De kantoren van het museum zijn gevestigd in Huize Tetrode aan de Brink 8.
Deze statige neoclassicistische notariswoning is gebouwd in 1822. De rijkelijk versierde Landschapszaal met authentieke wandschilderingen is tegenwoordig trouwlocatie. Vlakbij het Drostenhuis staat het bronzen beeld De Museumbezoekers van Bert Kiewiet uit 1985.
In de negentiende eeuw werd ook een aantal nieuwe gebedshuizen gebouwd in Assen. In 1832 verrees een synagoge aan de Groningerstraat, die in 1901 plaats maakte voor een nieuw pand met neorenaissance-elementen.
Een gevelsteen met het bouwjaar van de eerste synagoge is ingemetseld in de zijgevel van het nieuwe pand. Voor de katholieke arbeiders werd rond 1837 een kleine kerk gebouwd aan de Vaart. Deze werd in 1933 vervangen door de rooms-katholieke kerk Onze Lieve Vrouwe ten Hemelopneming aan de Dr. Nassaulaan. In 1848 is de hervormde Jozefkerk aan het Kerkplein gebouwd volgens plannen van C. Spaan.
Het is een dwars geplaatste zaalkerk met neoclassicistische elementen. Het orgel dateert van 1896. Zowel het orgel als de kerk zijn de in jaren ’80 van de twintigste eeuw gerestaureerd. De Noorderkerk aan de Oude Molenstraat is gebouwd in 1876. Deze gereformeerde kerk kreeg de naam De Kandelaar en werd rond 1900 ingrijpend verbouwd.
Aan weerszijden van de Vaart verrezen een drietal militaire kazernes. De Wilhelmina-, Emma- en Hendrikkazerne zijn rond 1900 gebouwd in een neorenaissancestijl. Voor het leger was Assen een aantrekkelijke plek als uitvalsbasis, omdat de nabijgelegen heidevelden zeer geschikt waren als militair oefenterrein.
In 1950 kreeg het complex de naam Johan Willem Friso, nadat het gelijknamige infanterieregiment in het pand trok. De huidige kazerne omvat een groot gebied tussen de Vaart Zuidzijde, de Witterstraat en de Europaweg-Zuid.
De stad vervulde een belangrijke rol in de Drentse zuivelindustrie. Rond 1900 waren er enkele particuliere zuivelfabriekjes in en om Assen, met namen als De Nijverheid, Nooit Gedacht en La Confance. Na 1908 verenigden zij zich in de Asser Coöperatieve Melkinrichting en Melkproductenfabriek, afgekort Acmesa, gevestigd tussen de Overcingellaan en de Prins Hendrikstraat. In de jaren ’50 werd de fabriek onderdeel van het grote DOMO-concern en werd het pand ingrijpend verbouwd. Na diverse fusies in de jaren ’90 werd in 2005 de vestiging gesloten. In 2007 is de sloop van de oude melkfabriek van start gegaan om er woningbouw te realiseren.
In de tweede helft van de twintigste eeuw verdubbelde het inwonertal van Assen naar 23.000 mensen. Met name na de jaren ’20 breidde de stad aan de zuid- en oostkant fink uit. Tussen 1916 en 1924 bouwde men in het oosten de arbeiderswijken het Rode, Witte en Blauwe Dorp.
Door de groei van het aantal inwoners nam ook het voorzieningenniveau toe. Assen kreeg in 1907 een eigen ziekenhuis aan het Oosterhoutje. Koningin Wilhelmina legde de eerste steen van het naar haar genoemde ziekenhuis.
In 1990 werd het ziekenhuis ondergebracht in het huidige pand langs de Europaweg-Zuid. De nieuwbouw kwam op de plek waar tot 1987 het voormalig psychiatrisch ziekenhuis Port Natal stond. Port Natal was de naam van het oostelijk deel van landgoed De Eerste Steen. In dit gebied, aan de Beilerstraat 82, werd in 1907 een fraai wit huis gebouwd met een dakruiter en een aangebouwde theekoepel.
De stad kreeg in 1930 in het Asserbos een eigen zwembad en sportterrein. Een paar jaar later werd daar ook een kanovijver aangelegd en de kinderboerderij De Hofstede geopend. Sinds 1841 stond in het Asserbos al een hertenkamp.
Ten westen van het Asserbos staat tegenwoordig sport- en evenementencentrum De Smelt.
Aan de westkant van de stad, tussen Kloosterveen en Baggelhuizen, ligt een uitgestrekt recreatieterrein met een grote zwemplas.
Assen staat al sinds de jaren ’20 bekend om haar motorraces, die vanaf 1926 plaatsvonden op een circuit nabij Laaghalen. Vanaf 1936 verzorgde de Stichting Circuit van Drenthe de wedstrijden en werd de naam TT (Tourist Trophy) voor het eerst gebruikt. In 1954 werd het circuit aangelegd op de huidige plek. Ieder jaar trekken de motorraces ruim honderdduizend bezoekers, de TT-nacht is de bijbehorende feestavond in het stadscentrum. Op de Brink staat sinds 2002 het TT-monument gemaakt door Ilona Lénárd. Vlak bij het TT-circuit ligt sinds 1988 het Verkeerspark Assen, een familiepark met veel speelattracties op het gebied van auto’s, treinen en boten.
Na de Tweede Wereldoorlog breidde de stad verder uit richting het westen, noorden en oosten met nieuwe woonwijken als Lariks en Noorderpark. In de jaren ’70 en ’80 begon ook de bouw van Peelo, Pittelo, Marsdijk en de wijken Baggelhuizen en Westerpark. In de loopder tijd werden diverse industrieterreinen aangelegd, zoals Peelerpark en Korenmaat. Het authentieke buurschap Peelo, dat ten noorden van Assen lag, is nagenoeg verdwenen.
Het plaatsje Kloosterveen zal eveneens snel opgaan in de gelijknamige nieuwe stadswijk.
Vanaf de jaren ’70 hield de gemeente zich bezigmet grootschalige stadsvernieuwingen, waarbij vooroorlogse woonwijken gedeeltelijk werden gesloopt, gemoderniseerd of heringericht.
De vele zeventiende- en achttiende-eeuwse panden in het centrum van Assen vormen sinds 1974 een beschermd stadsgezicht. ■